Qubes es un proyecto desarrollado por hackers, que pretende conseguir un sistema operativo lo más seguro posible. Su principal fundamento es aislar cada recurso y proceso de la máquina, para que si cualquier malware afecta a una parte de nuestro sistema, no pueda tomar control ni afectar al resto. Para ello, se basa en la virtualización. Qubes ofrece la posibilidad de crear diferentes dominios a partir de máquinas virtuales, estableciendo unos niveles de virtualización y seguridad diferentes en cada uno de ellos, lo que lo hace más flexible y adaptable a nuestras necesidades.
Integra un sistema de copiar/pegar seguro y automático, por lo que no notaremos que estamos virtualizando ciertos componentes, para el usuario se comporta como un sistema convencional.